Tham dự VCK U16 châu Á 2018 có tổng cộng 16 đội tuyển gồm: Chủ nhà Malaysia, 10 đội nhất bảng tại vòng loại: Jordan (bảng A), Tajikistan (bảng B), Iran (bảng C), Iraq (bảng D), Yemen (bảng E), CHDCND Triều Tiên (bảng F), Indonesia (bảng G), Hàn Quốc (bảng H), Australia (bảng I), Nhật Bản (bảng J) và 5 đội thứ nhì có thành tích tốt nhất tại vòng loại: Ân Độ, Oman, Thái Lan, Việt Nam và Afghanistan.
Các đội bóng nằm trong 4 bảng đấu VCK U16 châu Á 2018.
16 đội tuyển sẽ được bốc thăm chia vào 4 bảng, mỗi bảng 4 đội, thi đấu vòng tròn 1 lượt tại mỗi bảng để tính điểm xếp hạng. 2 đội nhất và nhì tại mỗi bảng sẽ giành quyền vào thi đấu tại Tứ kết. 4 đội thắng tại Tứ kết sẽ vào Bán kết đồng thời giành vé tham dự VCK FIFA U17 World Cup Peru 2019 (châu Á có 4 suất tham dự VCK FIFA U17 World Cup).
