Ban kỷ luật VFF đã đưa ra những án phạt cho những vi phạm ở lượt đi Tứ kết Cúp quốc gia 2018. Theo đó, CLB Hà Nội FC đã phải nhận tới 5 án phạt khác nhau, cụ thể HLV Chu Đình Nghiêm bị phạt 15 triệu đồng và đình chỉ 4 trận đấu.
Tiền vệ Phạm Thành Lương bị phạt 10 triệu đồng và đình chỉ thi đấu 03 trận, cầu thủ dự bị Nguyễn Đại Đồng của Hà Nội FC bị phạt 10 triệu đồng và đình chỉ đấu 02 trận.
Trong khi đó, ông Nguyễn Quốc Tuấn – Phó Giám đốc phụ trách truyền thông của CLB bóng đá Hà Nội, con của Chủ tịch Nguyễn Quốc Hội bị phạt 10 triệu đồng và đình chỉ làm nhiệm vụ 02 trận.
Và Ban Kỷ luật cũng cảnh cáo cầu thủ Moses Oloya (số 8) của CLB bóng đá Hà Nội do có hành vi phi thể thao với cầu thủ Nguyễn Văn Hạnh (số 98) của CLB bóng đá Hoàng Anh Gia Lai.
Trong khi đó, Ban Kỷ luật VFF chỉ cảnh cáo và phạt BTC sân Pleiku 25 triệu đồng do để khán giả, người không chức năng làm nhiệm vụ xuống sân và ném nhiều chai lọ xuống sân.
Việc phải nhận một loạt án phạt khác nhau sau trận đấu với HAGL được đánh giá là tổn thất lớn về lực lượng với Hà Nội FC thời gian tới. Tuy nhiên, trao đổi với báo chí trong nước đại diện của Hà Nội FC khẳng định không kháng cáo án phạt nặng vừa phải nhận từ Ban kỷ luật VFF.
Theo đó, Chủ tịch Nguyễn Quốc Hội của CLB Hà Nội khẳng định: “Án phạt 3 trận hay 4 trận, chúng tôi cũng chấp nhận thôi chứ giờ còn nặng với nhẹ gì nữa. Nặng hay nhẹ lúc này không còn quan trọng. Lúc đấy, chúng tôi nóng giận là đã sai rồi. Đây là bài học cho cả đội bóng”.
Ở phía bên kia chiến tuyến, GĐĐH HAGL Nguyễn Tấn Anh cũng cho biết họ không có ý kiến và chấp nhận án phạt. Đội bóng phố núi đã không quản lý được khán giả, để họ ném chai lọ và tự ý đi xuống sân.