Chấn thương đầu gối là nỗi ám ảnh lớn với Tuấn Anh trong năm 2016. Nó khiến cho chàng tiền vệ hào hoa này bỏ lỡ hai giải đấu cực kỳ quan trọng trong giai đoạn cuối năm là AFF Cup 2016 và giải U21 Quốc tế báo Thanh Niên 2016. Thiếu Tuấn Anh, Xuân Trường dù chơi rất hay vẫn không có được cặp bài trùng ăn ý để phát huy tối đa khả năng ở cả hai giải đấu quan trọng kể trên.
Tuấn Anh đã có thể thực hiện những bài tập nhẹ
Trước đây, Tuấn Anh bị đứt dây chằng và bầu Đức đã đưa anh sang Pháp để mổ. Đây là trường hợp cầu thủ trẻ Việt Nam đầu tiên được mổ ở châu Âu và là cầu thủ Việt Nam thứ 3 (sau Công Vinh và Tuấn Phong).
Hiện tại, Tuấn Anh vẫn đang trong quá trình trị liệu hồi phục dưới sự theo sát tỉ mỉ của bác sĩ Đồng Xuân Lâm. Dù mọi thứ đang tiến triển tốt song phía HAGL chắc chắn sẽ không mạo hiểm với chấn thương của tiền vệ này. Dự kiến, Tuấn Anh sẽ bỏ lỡ khoảng 6 vòng đấu đầu tiên của V-League 2017 trong màu áo HAGL.
Sự trở lại sân cỏ của Tuấn Anh nhận được sự kỳ vọng rất lớn của bầu Đức, NHM cũng như HLV Nguyễn Hữu Thắng. Tuấn Anh được coi là một trong những quân bài quan trọng nhất trong thành phần U22 Việt Nam tham dự Sea Games 29 năm 2017 tổ chức tại Malaysia. Cũng chính vì muốn Tuấn Anh được ra sân thường xuyên nhằm duy trì phong độ mà bầu Đức đã gọi cầu thủ này trở lại HAGL sau một năm 1 thi đấu ở Yokohama tại J-League 2.
