Fernandez được M.U cho mượn đến đội bóng Tây Ban Nha Granada, trước khi chuyển đến Benfica vào tháng 1. Vào cuối tháng trước, Benfica đã kích hoạt điều khoản mua đứt Fernandez với mức phí 5 triệu bảng.
Benfica xem cựu học viện của Real Madrid, Alvaro Fernandez như một khoản đầu tư lâu dài, ràng buộc anh với một hợp đồng có thời hạn đến năm 2029.
Benfica cũng đã bổ sung một điều khoản giải phóng lớn vào hợp đồng của Fernandez. Trang Bola cho biết hợp đồng của Fernandez có điều khoản giải phóng 50 triệu euro, tương đương 42 triệu bảng.
Điều khoản giải phóng được thiết lập để đảm bảo Fernandez không bị bán với giá rẻ, đặt tiêu chuẩn khởi đầu cao cho các cuộc đàm phán trong tương lai.
Alvaro Fernandez đã chơi 16 trận cho Benfica trong thời gian cho mượn, 7 trong số đó là trận đá chính. Nhưng ở mùa giải tới, Fernandez không được kỳ vọng sẽ là sự lựa chọn số 1, anh sẽ phải giành lấy suất đá chính trong đội hình Benfica.